Chiesa legata al francescanesimo in Modena, venne costruita a partire dall'avvento dei Frati Minori in città nel 1244, quando in ottemperanza alle direttive dell'Ordine di partecipare alla vita dei centri urbani soprattutto come pacificatori, lasciarono un piccolo convento fuori le mura, fondato nel 1221, quando San Francesco d'Assisi era ancora vivo. Anima di quella prima comunità religiosa fu il Beato Gherardo Boccabadati, modenese dalla personalità carismatica, fra i primi seguaci del santo d'Assisi, sepolto sotto l'altare maggiore della chiesa.

L'edificio fu costruito in tempi assai lunghi, anche per le successive aggiunte; danneggiato da terremoto del 1501, fu ristrutturato fra il 1535 e il 1541, fra l'altro regolarizzando il fianco sinistro, verso il piazzale laterale.

In epoca napoleonica, poi, fu adibito dapprima a magazzino militare e quindi, nel 1807, a scuderia; vennero allora vandalizzate le sue presenze artistiche, come il Monumento funerario della famiglia Belleardi, cinquecentesca opera in terracotta di Antonio Begarelli (se ne conservano resti nella Galleria Estense e nel Museo Civico di Modena). Con la Restaurazione, nel 1829 la chiesa venne recuperata al culto per volere del duca Francesco IV d'Austria Este. Fu così restaurata dall'architetto Gusmano Soli; un pesante restauro subirà infine nel 1886-1888 a opera dell'ingegner Carlo Barberi, che interverrà "adattandola" alla cultura del revival neogotico. 

La sobria facciata in stile gotico è a capanna, con grande rosone; tracce gotiche si rinvengono anche nel fianco settentrionale. L'interno è a tre solenni navate con arcate a sesto acuto rette da pilastri, con presbiterio dall'abside poligonale. La decorazione pittorica delle volte e delle pareti fu eseguita in forme neogotiche dal carpigiano Fermo Forti fra il 1886 e il 1888. Molte opere della chiesa risalgono alla riapertura ottocentesca: così la grande pala nell'abside con San Francesco che riceve le stimmate, capolavoro giovanile del modenese Adeodato Malatesta.
La presenza più importante è, nella cappella di fondo della navata sinistra, la suggestiva Deposizione dalla Croce (proveniente dalla scomparsa chiesa di Santa Margherita), gruppo in terracotta eseguito nel 1531 da Antonio Begarelli, il celebre artista modenese che compendiò la tradizione plastica locale ed emiliana vivificandola con la lezione classicista di Raffaello e la qualità sentimentale del Correggio.  

Accanto alla chiesa, adiacente al suo lato meridionale sorge il palazzo del Seminario Metropolitano, un tempo convento dei francescani fondato nel 1244. Dal 1827 sede del Seminario, conserva all'interno un maestoso chiostro seicentesco e uno scenografico scalone monumentale; ricchissima la Biblioteca intitolata a L.A. Muratori, specializzata in teologia, storia e filosofia..      

Fontana di San Francesco

La statua in bronzo di San Francesco in atto di predicare ai pesci, innalzata sulla vasca d'impianto poligonale, sul cui fondo sono raffigurati appunto alcuni pesci, è opera di Giuseppe Graziosi, il noto scultore, pittore e grafico nativo di Savignano sul Panaro e attivo nella prima metà del Novecento. Risalente al 1938, nell'ambito delle fontane cittadine commissionate al già famoso artista dal Comune di Modena, mostra un registro post impressionistico che caratterizza un capitolo notevole della scultura di Graziosi.

La fontana accresce la poesia della piazzetta di San Francesco, sul lato settentrionale della chiesa omonima, verso l'imbocco di Rua dei Frati, così detta dal medievale convento francescano, non più esistente.

In questo scorcio di Modena, si può ammirare il campanile rinascimentale, d'impianto ottagonale, della chiesa di San Francesco e, sul versante settentrionale della piazza, la serie di palazzi porticati; il primo di essi, all'angolo con corso Canalchiaro, su la sede, ai primi del Novecento, della notissima salumeria, poi ristorante, del comm. Telesforo Fini specializzata in eccellenze gastronomiche modenesi.