L'Università di Modena è dopo quello di Bologna il più antico Ateneo d'Italia e uno dei più antichi nel mondo. Le sue origini infatti risalgono al 1175 con l'istituzione dello "studium mutiniensis" del giurista Pilius da Medicina. Solo con il trasferimento della Corte Estense da Ferrara a Modena (1598) e la conseguente nascita del Ducato di Modena, l'Università pose basi sensibilmente più solide, allargando ed irrobustendo i corsi di insegnamento, che, oltre alle materie giuridiche, compresero Filosofia, Matematica e Medicina.

È nel settecento che l'Ateneo modenese trovo degna sede nell'attuale Palazzo di via Università.
Il grandioso edificio fu costruito dal 1772 su progetto dell'architetto Gian Francesco Zannini, come sede dell'Università degli Studi, riformata e potenziata da Francesco III d'Este, nell'ambito della generale riorganizzazione dei servizi di "pubblica utilità" nella capitale e nel ducato. Pregevole esempio di edilizia civile del barocchetto modenese, il palazzo presenta una notevole sovrapporta in ferro battuto del celebre fabbro Giambattista Malagoli, un atrio monumentale e un suggestivo scalone d'onore impreziosito da stucchi di gusto rococò.

Nel Palazzo hanno sede il Museo Universitario di Paleontologia, la cui origine risale all'anno al 1785, con la donazione all'Università da parte del Vescovo Stefano Fogliani della propria raccolta naturalistica e il Museo Universitario di Zoologia, nato sul finire del Settecento come raccolta naturalistica di reperti di particolare interesse provenienti dall'area locale.

L'Università di Modena e Reggio nelle sue diverse sedi ha altri quattro storici Musei Universitari che hanno origine nella particolare attenzione che gli Estensi dimostravano verso la cultura scientifica.

L'Orto Botanico dell'Università di viale Caduti in Guerra 127 è luogo di grande suggestione, venne ritagliato negli spazi verdi dei Giardini Ducali per fornire un'idonea sede di ricerca scientifica, sotto l'impulso dei principi illuministici.

Il Museo Universitario di Anatomia Umana di via Jacopo Berengario il cui primo nucleo del Museo risale all'epoca settecentesca, in quanto annesso al Teatro Anatomico, struttura lignea fra le più antiche d'Italia nel suo genere.

Il Museo Universitario di Mineralogia e Geologia, in piazzetta S. Eufemia 19, è un'altra istituzione legata agli interessi scientifici sotto l'egida dell'Illuminismo.

Il Museo Astronomico e Geofisico collocato nella Torre Orientale del Palazzo Ducale  rappresenta un esempio di studio scientifico del periodo 1820-1920, ospitando strumenti antichi astronomici, meteorologici e geofisici negli stessi locali dove venivano utilizzati in origine.