Il lago è situato sul crinale dell'Appennino tosco-emiliano all’interno del Parco del Frignano, quasi al confine con il Parco del Corno alle Scale.

La depressione in cui è collocato ha origine da un fenomeno geologico detto di sdoppiamento delle creste. Prossimo alla trasformazione in torbiera, ospita una vegetazione palustre all’interno della quale si riconoscono grandi cespi di carici. Dove la massa torbosa si solleva in piccoli cuscini isolati compare la Droserarotundifolia, pianta carnivora relitto delle glaciazioni e rarissima nell'Appennino.

La zona umida di Pratignano è poi contraddistinta da una ricca varietà faunistica, dagli anfibi come la rana temporaria, il tritone crestato e quello punteggiato, al pesce tinca, oltre alla possibilità di osservare l'airone cinerino e l'aquila reale.

Per rggiungere il Lago Pratignano si possono affrontare itinerari a piedi o in mbike dal borgo di Ospitale o dal Rifugio Capanno Tassoni o risalire in auto la strada che da Fanano porta a Serrazzone fino al termine del percorso e camminare l'ultimo tratto.